1,9 SDI (47 kW), 1999 až 2005, ****
V době příchodu fabie již byly velké atmosférické diesely pod kapotami malých vozů na ústupu, tento však byl ze staré gardy asi tím nejlepším a získal tak právo pár let přesluhovat. Vůz to určitě není dynamický, ale na plynulé cestování stačí. Poctivě si vede svou se zcela minimální spotřebou a bude to dělat ještě hodně dlouho. Pokud tedy někdo nezapomene vyměnit rozvody. Když vás v kopci předjíždějí autobusy, nechte zkontrolovat senzor hmotnosti nasátého vzduchu, to je tak asi nejčastější závada. Jako jediný ze všech dieselů fabie je možné tento motor označit za skutečně nenáročný, prostě starý dobrý ropák.
1,4 TDI (55 kW), 2003 až 2005, ***
Miminální spotřeba, maximální hlučnost. Zvláště po městě je traktorový chod tříválce náporem na nervy posádky. Motor trpí turboefektem, nad 2000 otáčkami však předvádí parádní výkon. Spolehlivostí patří k průměru.
1,4 TDI (51 kW), od 2005, **
Norma Euro4 donutila konstruktéry motor uškrtit, aby podlezl limity pro kouřivost. Hlučnost zůstala, úderný zátah hodně zjemnil, což nemusí být vnímáno jen jako nedostatek. Nicméně obecně platí, že ekologie nepřináší vstřikovacímu systému „pumpa-tryska“ nic dobrého.
1,4 TDI (59 kW), od 2005, **
Nová ekologická verze se zvýšeným výkonem obdržela řadu celkem drahých úprav, například variabilní turbodmychadlo. Její zátah přesto subjektivně nepředčí starý 55kilowattový agregát a navíc je trochu zbytečné to řešit, protože tento motor se vyskytuje jen velmi vzácně.
1,9 TDI (74 kW), od 1999, ***
Nejsuverénnější pohon pro civilní varianty fabie vyšponoval její cenu k půlmilionové hranici, přesto si získal značnou oblibu. Nenápadný silný vůz s úderným tahem má jistě své kouzlo, avšak servisní náklady nejsou zrovna nízké, choulostivý ozubený řemen musíte vyměnit nejpozději po 90 000 km. Díru do rozpočtu umí udělat opotřebené turbodmychadlo (obvykle kolem 100 000 km), které je špatně chráněno řídkým olejem (hustší není možné použít kvůli požadavkům sdružených vstřikovačů). Často se projevuje také vyšší spotřeba samotného motorového oleje, který běžně stojí přes 500 Kč/l. S těžkým litinovým dieselem v přídi také platí, že i opotřebení podvozku je rychlejší, naštěstí fabia jej má v principu robustní. O Fabii TDI platí, že ač malé auto, tak cenou se blížila spíše manažerskému vozu a servisní náklady odpovídají právě spíš možnostem jejího původního majitele. Nikdy za ní proto nedávejte všechny své peníze, ale ponechte si rezervu alespoň na zmíněné turbodmychadlo (kolem 25 000 Kč).
RS 1,9 TDI PD (96 kW), 2003 až 2006 ***
Verze RS byla vybavena silnější verzí motoru 1,9 TDI a šestistupňovou převodovkou. Za vyloženě sportovní toto auto není možné označit, ale působivé malé Grand Tourismo to bezesporu je. Štědrá výbava čítající i tolik ceněné xenonové světlomety či stabilizační systém ESP nebyla vykoupena nikterak přemrštěnou cenou – za 495 tisíc Kč nikdo tehdy nenabízel více. V roce 2004 byly této verzi zkráceny převody, ty původní byly opravdu jen cestovní bez jakýchkoliv sportovních ambicí. Ještě více, než u standardního 74 kW TDI zde platí, že kdo chce honit vodu, musí na to mít. Problém budete mít třeba už jenom se zimními koly, přes velké přední brzdy plechové disky ekonomického čtrnáctipalcového rozměru neprojdou. Pozor také na neodborné zvyšování výkonu čiptuningem, které bývalo časté a může vést až k propálení pístu a totální destrukci motoru. Poměrně výrazná kouřivost je u tohoto modelu normální, ale doslova oblaka černých sazí produkovat nesmí.